Desde su creación, la FARM ha desarrollado y concretado una activa agenda, realizando un promedio de seis reuniones cada año, a efectos de discutir y formar posición en distintos temas que preocupan al sector agropecuario de la región.
Para el tratamiento, coordinación y seguimiento de los distintos temas, se trabaja a través de las Comisiones de Trabajo de la FARM:
1. Sanidad
2. Sostenibilidad
3. Relacionamiento Institucional
4. Comercio y Mercados
5. Solución de conflictos de interés
Los temas que han sido analizados con mayor frecuencia son los atinentes al comercio internacional (intra-bloque y extra-bloque) y la sanidad, este último debido a los perjuicios que el endemismo regional de la fiebre aftosa ocasiona a las exportaciones del Mercosur.