Após a conclusão do projeto de integração regional do MERCOSUL como projeto de integração regional, as agrupações rurais más antigas procuraram se organizar em uma instituição supranacional que representasse os interesses da produção agrÃcola e aonde fosse possÃvel discutir e tomar posições sobre as questões que mais importam desenvolvimento do setor.
E foi assim que, na cidade de Mariano Roque Alonso, no Paraguai, em 19 de junho de 1997, foi fundada a Federação das Associações Rurais do MERCOSUL. Em 2007, o Ministério das Relações Exteriores do Uruguai aprovou o reconhecimento da personalidade jurÃdica da FARM como Organismo Internacional. No mesmo ano, a Sede da FARM foi estabelecida no EdifÃcio MERCOSUL, através de um convenio com o Instituto Interamericano de Cooperação para a Agricultura (IICA).